开通后车次如下图：
赣深高铁起江西省赣州市，南至广东省深圳市，途经江西省赣州市和广东省河源、惠州、东莞、深圳等地市，线路全长434公里，设计时速350公里，全线共设赣州西、信丰西、龙南东、定南南、和平北、龙川西、河源北、河源东、博罗北、惠州北、仲恺、东莞南、光明城13座车站，其中赣州西站、光明城站为既有车站。
预计会有以下线路
赣州 — 深圳
南昌 — 赣州 — 深圳
合肥 — 南昌 — 深圳
武汉 — 南昌 — 深圳
北京 — 合肥 — 南昌 — 深圳
上海 — 南京 — 安庆 — 九江 — 南昌 — 深圳
昆明 — 贵阳 — 长沙 — 南昌 — 深圳
上海 — 杭州 — 南昌（需换向） — 深圳
因为安九高铁和赣深高铁都在今年年底开通，借助昌九城际（需降速），就打通了合肥经过南昌到深圳的高铁线路，而合肥可以通过联络线借道京沪高铁直达北京，加上安九高铁接入安庆，可以接入到已经修好的宁安铁路（需降速），连接南京上海。未来昌景黄开通后，上海经杭州和南昌到深圳的车不需要换向，同时也可以通过昌景黄和宁宣黄高铁，连接南昌到南京，就不需要降速了，昌九高铁开通后北京经过合肥和南昌到深圳也不需要降速了。
广州～南昌1对、广州～赣州2对、深圳～南昌10对、深圳～赣州4对、深圳～河源2对、深圳～九江2对、深圳～上饶1对、深圳～合肥1对、深圳～南京1对、深圳～上海1对，